研究人员开发新方法来识别基于剪接的肝癌生物标志物

作者:郈叫

<p>表示由人AFMID基因产生的信使RNA的不同形式或同种型,显示它们在整个身体取样的癌性(顶部)和非癌性组织(底部)中的相对流行</p><p>代表在成体细胞中发现的正常变体的黑色峰在癌组织中比在正常组织中低得多</p><p>与颜色编码的橙色和红色变体相反,它们在肝癌中用作生物标志物</p><p>图片来源:Krainer实验室,CSHL由于肝癌特别多样化,遗传并且容易复发,因此识别能够预测疾病进展的生物标志物是打击它的关键目标</p><p>由CSHL教授Adrian Krainer领导的冷泉港实验室(CSHL)的研究人员现在在基因组研究中报道,他们已经开发出一种方法,用于鉴定最常见形式的肝癌,肝细胞癌(HCC)的基于剪接的生物标记物</p><p>他们相信该方法也适用于其他癌症类型</p><p> “这项研究强调了学习RNA剪接变体如何导致癌症的可能性,并指出这些变异是癌症进展的潜在生物标志物,”Krainer说</p><p>剪接是指这样的过程,其中从基因中编码的信息复制的RNA信息在其能够用作制造特定蛋白质的蓝图之前被编辑</p><p>基因可以产生多种RNA信息,每种信息都会产生不同的蛋白质变体或“同种型”</p><p>许多疾病与RNA剪接方式的错误或变异有关</p><p>剪接的错误或变异可导致具有不同或异常功能的非功能性蛋白质或蛋白质</p><p>基因可以产生多个RNA信息,每个信息产生不同的变体或同种型</p><p>以下是人AFMID基因产生的4种信使RNA同种型</p><p>从顶部:通常在成体细胞中发现的两种同种型</p><p>较低的两个变体缺失了主要同种型中的11个区段中的一些,称为外显子;这些产生与肝癌相关的截短蛋白质</p><p>图片来源:Krainer Lab,CSHL最近的研究发现了肝癌细胞的剪接不规则</p><p>在CSHL博士后研究员Kuan-Ting Lin的带领下,Krainer的团队开发了一种方法,可以全面分析由给定基因制成的所有RNA信息</p><p>该团队通过分析数百名患者取样的HCC细胞中的RNA信息,测试了他们在HCC中的剪接变异检测方法</p><p>他们发现AFMID基因的特定剪接同种型与非常差的患者存活率相关</p><p>这些变体导致细胞制造截短形式的AFMID蛋白</p><p>这些不寻常的蛋白质版本与成人肝癌细胞相关,肿瘤抑制基因突变称为TP53和ARID1A</p><p>研究人员推测,这些突变与低水平的NAD +分子有关,后者参与修复受损的DNA</p><p>他们建议将缺失的部分(称为外显子)恢复到AFMID的正常RNA信息,可能会将NAD +提升到正常水平,从而避免TP53和ARID1A的突变</p><p>该团队希望使用可以与RNA结合的称为ASO(反义寡核苷酸)的小分子,以改变AFMID的RNA信息拼接方式</p><p> Krainer的团队以前使用这种技术来纠正SMN2基因剪接中的错误,作为治疗脊髓性肌萎缩症(SMA)的一种方法</p><p>固定AFMID剪接可以导致NAD +的产生增加和DNA修复的增加</p><p> “如果我们能做到这一点,AFMID拼接可以成为一种治疗靶点,也是肝癌新药的来源,”林说</p><p>初步实验表明该团队走在正确的轨道上</p><p>他们证明,诱导细胞过度表达以正常方式剪接的AFMID导致更高的NAD +水平和更慢的肝癌细胞生长</p><p>出版物:Kuan-Ting Lin等,“人类特异性开关的可变剪接AFMID同种型有助于TP53突变和肝细胞癌中的肿瘤复发”,Genome Research,2018; doi:10.1101 / gr.227181.117资料来源:....